Goran Markovic werd in 1946 geboren als het kind van twee bekende Joegoslavische acteurs, Rade en Olivera Markovic. Van 1965 tot 1970 volgde hij in Praag een opleiding als filmregisseur. Daarna ging hij bij de televisie werken, waar hij vele documentaires maakte en zo'n vijftig TV-films.
In 1977 debuteerde Markovic op het witte doek met Specijalno Vaspitanje, over een tuchtschool-leraar die de ouderwetse methoden van zijn school probeert bij te stellen. De film deed het uitstekend, zowel bij de critici als het publiek. Typerend voor zijn vroege werk is de subtiele manier waarop Markovic het communistische regime van president Tito een spiegel voorhoudt. Na Specijalno Vaspitanje stak Markovic zijn commentaar in een komisch jasje met Nacionalna Klasa (1979) en Majstori, Majstori (1980).
Een heel stuk serieuzer gaat het er aan toe in Variola Vera (1981), gebaseerd op de pokkenplaag die in 1972 in Belgrado uitbrak als gevolg van groffe medische nalatigheid. De politiek keert vervolgens weer terug in Tajvanska Kanasta (1985), over de slachtoffers van de studenten-revolutie van 1968. Met Déjà Vu (1987) maakte Markovic een thriller in de beste magisch-realistische traditie, om het vervolgens weer over een tragikomische boeg te gooien met Sabirni Centar (1989), waarin een archeoloog per toeval de passage tussen leven en dood ontdekt. Internationale bekendheid kreeg hij met de satire Tito I Ja (1992) over een jongetje dat zich verbeeldt de raadsman van Tito te zijn. De gevolgen van het uiteenvallen van Joegoslavië worden op licht absurdistische wijze aangeroerd in Urnebesna Tragedija (1995), tot op heden Markovic' laatste conventionele speelfilm.
Tijdens de heerschappij van Milosevic kwam Markovic als cineast niet aan de bak en stortte hij zich met succes in de minder openbare wereld van het theater. Na Milosevic' val maakte hij de semi-documentaire Serbie, Année Zéro, misschien wel zijn meest persoonlijke werk tot nu toe. In deze film gaat Markovic in op de oorzaak van de Balkan-crisis en onderzoekt wie voor het conflict verantwoordelijk gehouden kan worden. Eén enkele man of iedereen? Markovic is de laatste om zijn handen in onschuld te wassen. Het filmessay Serbie, Année Zéro kan dan ook gezien worden als een bittere terugblik op Markovic' eigen loopbaan en leven. Zijnde een radicale breuk met Markovic' vorige films, confronteert Serbie Année Zéro de toeschouwer (en de cineast) met de vraag welk verzet een kunstenaar kan bieden tegen een door hem veracht maar ook getolereerd bewind.