Thomas kocht in 2000 voor een miljoen dollar tien uur aan zwart-wit filmmateriaal van Tony Cox. Cox was de eerste man van Yoko Ono en schoot het materiaal tussen 8 en 11 februari 1970, een paar maanden voordat de Beatles uitelkaar gingen. Te zien is onder andere hoe Lennon Remember achter de piano schrijft en Instant Karma en Mind Games speelt. Voor de documentaire was toestemming van Ono nodig, toen zij die niet gaf werd het plan voor een paar jaar in de ijskast gezet.

Thomas dacht de toestemming te kunnen omzeilen door de documentaire voor educatieve doeleinden te gebruiken en gratis te vertonen op scholen. Hiervoor bracht hij het materiaal van Cox terug tot twee uur. Vlak voor de première op de school van zijn zoon lieten de advocaten van Ono echter weten dat Ono geen toestemming gaf voor het vertonen van de documentaire voor publiek. Thomas moet nu in onderhandeling met de weduwe van Lennon.

Ook over Chapter 27, een film over Lennons moordenaar Mark David Chapman met Jared Leto en Lindsay Lohan in de hoofdrollen, bestaat een controverse. De film die op het afgelopen Sundance Film Festival in première ging, wekte de woede van Lennon-fans die niet willen dat Mark David Chapman een beroemdheid wordt. Een online petitie op www.boycottchapter27.org heeft op dit moment 2557 supporters. Tot nu toe heeft de film nog geen distributeur in de Verenigde Staten, er zijn wel distributeurs gevonden in Europa, Azië en Zuid- Amerika.

De laatste documentaire over John Lennon die wel de goedkeuring van Ono kon wegdragen is The U.S. vs. John Lennon uit 2006, dat onder andere met archiefmateriaal uit Ono's eigen collectie werd gemaakt. In deze documentaire is te zien hoe John Lennon van een muzikant verandert in een pacifist die tegen de oorlog in Vietnam strijdt en zich zo de woede van de Amerikaanse overheid op zijn hals haalt.