Hayes begon zijn carrière in Californië als tekstschrijver bij de radio. In 1950 werd hij door filmstudio Universal ingehuurd als scenarioschrijver. Hij maakte zijn debuut in 1952 met de oorlogsfilm Red Ball Express (Budd Boetticher ). Zijn doorbraak bij het grote publiek kwam twee jaar later toen hij het scenario schreef voor Hitchcocks klassieker Rear Window, een adaptatie van Cornell Woolrichs korte verhaal Murder from a Fixed Viewpoint.

In Rear Window speelt James Stewart de fotojournalist Jeffries, die thuis in een rolstoel zit met zijn been in het gips. Terwijl hij uit verveling zijn buren met een verrekijker begluurt, raakt hij ervan overtuigd dat één van hen een moord heeft gepleegd. Hayes baseerde het personage van Jeffries’ vriendin Lisa (Grace Kelly) op zijn eigen vrouw, die net als Lisa model was. 

John Michael Hayes schreef na Rear Window nog drie scenario’s voor de Master of Suspense: To Catch a Thief (1955), The Trouble with Harry (1955) en The Man Who Knew Too Much (1956). De samenwerking tussen Hayes en Hitchcock eindigde abrupt door een ruzie over het scenario van The Man Who Knew Too Much. Hitchcock had Angus MacPhail als tweede scenarioschrijver ingehuurd en stond erop dat MacPhail samen met Hayes op de aftiteling zou komen te staan. De Writers Guild besloot uiteindelijk dat Hayes als enige verantwoordelijk was voor het scenario. Hayes noemde in een interview in 1999 de professionele samenwerking met Hitchcock prettig, maar vond de Britse regisseur buiten de set ‘egotistical to the point of madness’.

Na The Man Who Knew Too Much schreef Hayes in de jaren ’50 en ‘60 diverse filmscenario’s, waaronder het met drie Oscars bekroonde Peyton Place. De rest van zijn carrière richtte hij zich voornamelijk op televisie. In 1994 keerde hij nog één keer terug in de filmwereld met het scenario voor Charles Haids Iron Will.