25 is de Japanse Shiori Itō als ze stage loopt bij de gerenommeerde journalist Noriyuki Yamaguchi. Een werkbespreking blijkt tot haar verbazing een intiem etentje met zijn tweeën. Plotseling voelt ze zich niet lekker. Als ze weer bijkomt, ligt haar baas boven op haar in een hotelbed.
De verdere gruwelijke details van de verkrachting horen we pas als Black Box Diaries al een eind onderweg is. De documentaire gaat dan ook vooral over wat er daarna gebeurde: de moedige maar uitputtende strijd van Shiori voor gerechtigheid. In tegenstelling tot veel andere Japanse slachtoffers van seksueel geweld besluit zij wel haar stem te laten horen, ook al gaat ze daar zelf bijna aan onderdoor.
Volgens de politie is er te weinig bewijs om Yamaguchi te vervolgen. Dat de invloedrijke journalist een goede vriend van premier Abe is, heeft daar veel mee te maken. Maar Shiori besluit haar zaak als een onderzoeksjournalist te behandelen. Ze gaat op zoek naar getuigen en neemt alle gesprekken op. In een persconferentie komt ze naar buiten met haar verhaal. Ze vindt dat ze zich niet hoeft te schamen, maar een groot deel van de Japanse maatschappij ziet dat anders. In de media wordt ze aan de schandpaal genageld. Parlementariërs die de zaak aanhangig maken worden tot zwijgen gemaand.